Początki działalności manufaktury datuje się na 1832 rok, kiedy 23 letni Auguste Agassiz przyjechał do szwajcarskiego miasteczka Saint-Imier, gdzie spotkał zaprzyjaźnionego biznesmena Henriego Raiguela. Przedsiębiorcy udało się nakłonić Agassiza do wspólnego prowadzenia interesów. Panowie otworzyli firmę Comptoir Horloge Raiguel Jeune słynącą ze składania i sprzedaży czasomierzy.
W późniejszym czasie nazwa firmy została zmieniona na Agassiz & Cie. Manufaktura dawała zatrudnienie okolicznym mieszkańcom. Gotowe produkty sprzedawał nieustannie podróżujący po świecie Auguste Agassiz. Po upływie 20 lat biznesmen postanowił poszukać swojego następcy, którym okazał się jego siostrzeniec Ernest Francillon. Młody przedsiębiorca cechował się wielkimi ambicjami oraz darem przekonywania. Udało mu się nakłonić wujka do podjęcia działań rozwojowych. W maju 1866 roku wspólnicy kupili na obrzeżach miasteczka dwie fabryki, które przez ludzi były nazywane „Les Longines” co oznacza „długie łąki”. Rok później fabrykę opuściły pierwsze zegarki sygnowane „E. Francillon Longines Suisse”. Czasomierze charakteryzowały się niebywałą jakością i wysoką ceną. Niektórzy zamożni chcąc oszczędzić na zakupie zegarka udawali się do mniej znanych zegarmistrzów by Ci dla nich wykonywali podróbki. Kiedy niechlubny zwyczaj się rozpowszechnił Ernest Francillon postanowił stworzyć znak firmowy odróżniający imitację od oryginału. Począwszy od 1874 roku aż do dnia dzisiejszego każdy czasomierz, który opuścił „Les Longines” jest udekorowany klepsydrą ze skrzydłami.
Następnie w maju 1889 roku znak towarowy został wpisany w Szwajcarskim Instytucie Własności Intelektualnej, a cztery lata później nazwa „Longines” została wpisana do rejestru Szwajcarskiego Międzynarodowego Urzędu Własności Intelektualnej stając się pierwszą na świecie firmą produkującą zegarki chronioną przez przepisy prawa. Władze manufaktury dążyły do perfekcji, dlatego postanowiły wysyłać swoich zaufanych pracowników do Stanów Zjednoczonych by tam mogli się zaznajomić z nowoczesnymi schematami produkcyjnymi prowadzącymi do optymalizacji kosztów. Podjęcie takich działań przyniosło przedsiębiorstwu laury w postaci nagród przyznawanych za wybitne osiągnięcia w sztuce zegarmistrzostwa. Ponadto w 1885 roku marka za oceanem zyskała swojego przedstawiciela, którym był Albert Wittnauer. W następnych latach na sukces przedsiębiorstwa pracowało 800 ludzi, którzy byli zdolni do skonstruowania około 122 tysięcy zegarków rocznie.
Pod koniec XIX wieku zegarki pochodzące z Saint-Imier zaczęły być wykorzystywane w ważnych dla ludzkości wyprawach. Jedna z najważniejszych odbyła się w 1899 roku. Była to ekspedycja na biegun północny zorganizowana przez księcia Ambruzji. Następnie w 1911 roku Roald Amundsen wyposażony w zegarek Longines zdobył biegun południowy. Wyprawy okazały się niezwykle skutecznym zabiegiem marketingowym, ponieważ od 1919 roku marka stała się partnerem Międzynarodowej Federacji Lotniczej (FAI) co sprawiło, że w 1930 roku miała na koncie 34 pobite rekordy.
Pierwszym bardzo popularnym zegarkiem spod szyldu Longines okazał się model „Lindbergh”. Nazwa pochodzi od nazwiska projektanta, który był pilotem. Charles Lindbergh w 1927 roku przeleciał nad Atlantykiem. Po powrocie z wyprawy pilot wyznał, że był zawiedziony chronometrem i poprzysiągł zaprojektowanie niezawodnego urządzenia. Pomógł mu w tym ekspert w dziedzinie nawigacji Amerykanin Philip van Horn Weems. Kiedy prace zostały ukończone projektanci zwrócili się do przedstawicieli firmy Longines z prośbą o skonstruowanie czasomierza. Zegarek okazał się przedmiotem, który w pewnym stopniu zrewolucjonizował ówczesne lotnictwo. W 1929 roku sterowiec LZ 127 Graf Zeppelin w 12 dni i 12 godzin obleciał kulę ziemską. Na pokładzie znajdowały się dwa takie czasomierze. Po zakończeniu wyprawy Hans von Schiller piastujące funkcję pierwszego oficera na pokładzie telegraficznie pogratulował władzom przedsiębiorstwa. Następnie chronometr Longines wziął udział w wyprawie Howarda Hughesa, który w 1938 roku obleciał kulę ziemską w 3 dni, 19 godzin, 8 minut i 10 sekund.
Pierwsza połowa XX wieku była niezwykle trudnym okresem dla zegarmistrzostwa. Dwie wojny światowe niezwykle skutecznie uniemożliwiały rozwój firmom zajmującym się produkcją zegarków. Niektóre fabryki funkcjonowały tylko dlatego, że wyrabiały zegarki dla żołnierzy. Pozostałe upadały, zawieszały działalność lub w najlepszym przypadku zmniejszały produkcję. Jednak władze marki Longines wykazały się niezwykłą przebiegłością. Podczas II Wojny Światowej wysyłka zegarków odbywała się w następujący sposób: w Biblii wycinano specjalny otwór, w którym umieszczano czasomierz. Paczkę wysyłano do Bahrajnu, gdzie odbierał je przedstawiciel i wysyłał do nabywców. Następnie, kiedy paczka dotarła do zamawiającego ten wyciągał zegarek i w jego miejsce wkładał złoto będące formą zapłaty. Na opakowaniu zamieszczany był napis „odmowa przyjęcia”. Służby celne nie sprawdzały przesyłek, ponieważ sądziły, że to najzwyklejszy zwrot książek.
Longines zasłyną także w świecie sportu. W 1952 roku szwajcarska manufaktura była odpowiedzialna za pomiar czasu podczas Zimowych Igrzysk Olimpijskich w Oslo. Urządzenia mierzące czas zawodnikom spisały się na złoty medal. Dzięki temu marka do 1980 rok pełniła funkcję oficjalnego chronometrażysty we wszystkich rodzajach konkurencji olimpijskich. Ogólnie czternastokrotnie mierzyła czas na zawodach tak wysokiej rangi.
Rozgłos jaki zyskała manufaktura sprawił, że po jej produkty sięgało i sięga wiele znamienitych osobistości. Czasomierze z Saint-Imier nosili między innymi: przywódcy państw John F. Kennedy, Ronald Reagan, Franklin D. Roosevelt, Richard Nixon, Michaił Gorbaczow, naukowiec Albert Einstein, papież Pius XI i papież Pius XII oraz piosenkarz Frank Sinatra.
Obecnie manufaktura odnosi sukcesy na arenie międzynarodowej. Jest ceniona i znana w najodleglejszych zakątkach świata. W swoim dorobku ma wiele unikalnych mechanizmów. Od wielu lat jest oficjalnym partnerem wielkoszlemowego turnieju tenisowego French Open rozgrywanego na kortach Rolanda Garrosa. Ponadto we Francji funkcjonuje „Akademia Longines”, do której uczęszczają przyszłe gwiazdy tenisa ziemnego.