Burzliwe dzieje francuskiej rodziny LeCoultre sięgają końca średniowiecza. Z powodu prześladowań religijnych i narzucania ograniczeń przez francuskie władze rodzina podjęła decyzję o emigracji do Szwajcarii. Kilka pokoleń później syn kowala Antoine LeCoultre postanowił udać się na nauki do szkoły zegarmistrzowskiej w Genewie. Jednak na przeszkodzie do jej ukończenia stanęła choroba, przez co młody szwajcar zamiast manufaktury wraz z ojcem otworzył zakład wytwarzający pozytywki oraz inne instrumenty. Antoine LeCoultre w wieku 30 lat postanowił spróbować jeszcze raz spełnić swoje marzenia. Starania zakończyły się powodzeniem i w 1833 roku w miasteczku Le Sentier powstała manufaktura rodziny LeCoultre.
W pierwszych latach istnienia zakład produkował części do zegarków dla okolicznych zegarmistrzów. Założyciel zagłębiając się w produkcję podzespołów wynalazł przyrząd do wycinania zębatek oraz „milionometr”, czyli urządzenie pomiarowe z dokładnością do 0,001 mm. Następnie, gdy nastał rok 1847 Antoine LeCoultre odniósł pierwszy znaczący sukces w sztuce zegarmistrzostwa. Szwajcar opracował system na podstawie, którego przycisk zastąpił kluczyk służący do nakręcania zegarka. Dotychczasowe wynalazki zostały docenione w 1851 roku. Założyciel manufaktury został odznaczony złotym medalem londyńskiej Universal Exhibition. Po upływie kilkunastu lat syn właściciela Elie postanowił rozbudować rodzinny zakład. W latach 80. XIX wieku na sukces firmy pracowało około 500 osób. Siedziba manufaktury została przeniesiona do Vallee de Joux i okrzyknięta nazwą Grande Maison. Pierwsze skomplikowane mechanizmy charakteryzujące się wiecznym kalendarzem i chronografem zostały opracowane w 1895 roku, gdy firmie przewodził Jacques-David LeCoultre będący wnukiem założyciela. Niedługo po tym wydarzeniu manufaktura wprowadziła do produkcji zegarki naręczne oraz pierwsze prostokątne mechanizmy i koperty.
Rok 1902 okazał się przełomowy dla istnienia firmy, ponieważ władze manufaktury podjęły współpracę z przedsiębiorstwem Patek Phillipe. Trwająca 30 lat współpraca polegała na dostarczaniu marce Patek Phillipe niewykończonych werków. Rok później właściciel zakładu poznał wybitnego zegarmistrza Edmunda Jaegera co sprawiło, że w 1925 roku manufaktura stała się niezależną marką. Pierwsza innowacja stworzona przez wspólników to „Calibre 145” będący w dniu swojej premiery najcieńszym mechanizmem na świecie. W kolejnych latach powstała cała seria cienkich i bardzo precyzyjnych mechanizmów. Jednym z najważniejszych zegarków opatrzonych logiem firmy był „Atmos” opracowany przez Jeana-Leona Reuttera. Czasomierz napędzała energia czerpana ze zmian temperatury. Ponadto był wyposażony w datownik oraz funkcję wskazującą fazy księżyca. Zegarek przez pół wieku był wręczany jako prezent honorowym gościom Szwajcarii. Na przestrzeni lat otrzymały go takie osobistości jak papież Jan Paweł II i prezydent Stanów Zjednoczonych John F. Kennedy.
Niezwykle ważna w historii przedsiębiorstwa jest linia zegarków przeznaczonych dla kobiet. Modne w pierwszej połowie ubiegłego wieku damskie naręczne czasomierze z małą tarczą zawsze charakteryzowały są mniej zaawansowaną technologią. Firma Jaeger-LeCoultre stworzyła model „Duoplan”. Zegarek posiadał dwupoziomowy werk co sprawiło, że technicznie nie odstawał od męskich czasomierzy z dużą tarczą. W 1929 roku konstruktorzy zakończyli prace nad „Calibre 101”. Był to najmniejszy mechanizm na świecie. Składał się z 98 elementów i ważył, zaledwie jeden gram. Następnie w 1931 roku światło dzienne ujrzał model „Reverso”. Czasomierz posiadał obrotową kopertę i wzmocnione szkiełko, ponieważ był przeznaczony dla brytyjskich oficerów lubujących się w grze w polo. Popularność czasomierza doprowadziła w 1937 roku do oficjalnej zmiany nazwy przedsiębiorstwa na Jaeger-LeCoultre. Począwszy od lat trzydziestych ubiegłego wieku po czasy obecne produkty oferowane przez szwajcarskie przedsiębiorstwo są uznawane za najznakomitsze na świecie. Do najsłynniejszych modeli zalicza się skonstruowany w 1932 roku „Uniplan” oraz pochodzący z 1950 roku „Memovox” będący pierwszym na świecie automatycznym zegarkiem wyposażonym w alarm. Innowacyjny czasomierz zapoczątkował kolejne pasmo sukcesów. Dalszymi modelami postrzeganymi jako arcydzieło zegarmistrzostwa są „Futurmatic” zaprezentowany w 1953 roku, „Geophysic” pochodzący z 1958 roku oraz opracowany cztery lata później „Geomatic”.
Gdy nastała era zegarków kwarcowych przedsiębiorstwo nadal było pionierem w branży zegarkowej. W 1967 roku w pracowniach fabryki konstruktorzy zakończyli prace nad modelem „Beta 2”, który był jednym z pierwszych ekskluzywnych zegarków kwarcowych na świecie. W latach siedemdziesiątych firma Jaeger-LeCoultre wraz z innymi prestiżowymi manufakturami została wchłonięta przez niemieckie przedsiębiorstwo VDO co niekorzystnie wpłynęło na ich rozwój. Dopiero w 1986 roku, kiedy prezesem niemieckiej spółki został Gunter Blumlein szwajcarska manufaktura ponownie zaistniała na rynku. Na czele manufaktury stanął Henri-Jean Belmont, dawniej pełniący funkcję szefa firmy Yema. Biznesmen znakomicie poradził sobie z przywróceniem świetności manufakturze. W latach dziewięćdziesiątych firma skonstruowała zegarek „Gyrotourbillon I” wyposażony w dwie klatki, które obracają się względem siebie pod kątem 90 stopni co przekłada się na niezależność pracy mechanizmu wobec wpływu sił ciążenia.
Obecnie szwajcarskie przedsiębiorstwo Jaeger-LeCoultre zatrudnia wielu specjalistów z różnych branży. Zegarki w całości są tworzone w tym samym zakładzie. Zatrudnionych około 900 pracowników jest w stanie wyprodukować w ciągu roku nawet 50 000 czasomierzy najwyższej jakości. Od 1992 roku każdy zegarek opatrzony logiem Jaeger-LeCoultre jest poddawany testom trwającym 1000 godzin. Staranne podejście do oferowanych produktów sprawia, że szwajcarskie czasomierze nosi wiele znanych osobistości a wśród nich znajdują się reżyser Martin Scorsese i aktor Jean Dujardin.